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Nelle fasi iniziali di un'integrazione verticale, ci sono costi inevitabili legali e amministrativi in ​​quanto le due società diventano affiliati economiche. Questo processo tende ad essere complesso e richiede molto tempo. I costi legali possono essere elevati se l'integrazione verticale è il risultato di una fusione (anziché un'integrazione interna) e subisce una sfida legale nell'ambito delle leggi antitrust. Tali sfide legali possono portare a lunghi processi giudiziari; tre casi di integrazione verticale hanno raggiunto la Corte Suprema degli Stati Uniti.

Dopo un'integrazione verticale, c'è generalmente un aumento dei costi burocratici. Mentre i costi delle transazioni generalmente diminuiscono in seguito ad un'integrazione verticale, di solito i costi amministrativi e amministrativi aumentano a seguito dell'inclusione dei membri del personale esistente e della gestione di tutte le transazioni tra le due affiliate economiche integrate. Non è raro che i sistemi di gestione e di amministrazione delle due società diventino ingombranti e inefficienti a seguito di un'integrazione verticale, che può essere costosa. Inoltre, la ristrutturazione dei sistemi di gestione e amministrativi per accrescere il nuovo stato di lavoro in modo più efficiente può anche comportare ulteriori costi che l'azienda ha accumulato.

Problemi di bilanciamento delle capacità possono comportare costi aggiuntivi per una società in seguito ad un'integrazione verticale. Questo è il caso se le operazioni a valle (ad esempio, la produzione di materie prime o processi di assemblaggio in fabbrica) producono più in uscita rispetto a quanto richiesto dalle operazioni a monte (ovvero distribuzione). In tal caso, la società potrebbe avere bisogno di investire più soldi nelle operazioni a monte per assicurare che ci sia sempre abbastanza domanda per accogliere la fornitura delle operazioni a valle. Questo si verifica più in genere se le due società in precedenza si occupavano solo di una sola volta su base infrequente prima dell'integrazione verticale. Ecco perché è consigliabile che le aziende si integrano verticalmente tra loro solo se i loro rapporti commerciali sono regolari e frequenti.

Uno dei vantaggi principali per perseguire un'integrazione verticale di due società è ridurre i costi di transazione nella catena di approvvigionamento. Tuttavia, in determinate circostanze, un'integrazione verticale può avere l'effetto esatto opposto. Se il livello della concorrenza si riduce in larga misura a seguito di un'integrazione verticale, è più probabile che i costi delle transazioni possano effettivamente aumentare all'interno della società verticalmente integrata. Ciò potrebbe comportare un aumento a lungo termine dei costi per l'azienda.

Infine, se per qualsiasi ragione l'integrazione verticale non è in definitiva insuccesso - per esempio, se una delle aziende non riesce o se il prodotto fornito dalle operazioni a valle diventa superfluo a causa di innovazioni moderne - allora la disintegrazione è anche una lunga e costosa procedura che coinvolge anche processi legali e amministrativi.